Unter dem Namen Fidelio sucht  Leonore ihren gefangen gesetzten Mann Florestan. Es gelingt ihr, sich als Schließer eines Gefängnisses einstellen zu lassen.

Erster Aufzug
Marzelline, die Tochter des Gefängnisvorstehers Rocco, weist den Heiratsantrag Jaquinos ab. Sie liebt Fidelio. Durch die Verlobung mit Marzelline hofft Leonore, mit Hilfe Roccos in die unterirdischen Gefägnisse zu gelangen. Rocco wiederum hofft, sein Gewissen durch eine mögliche Mitwisserschaft Fidelios entlasten zu können. Der Gouverneur Pizarro wird vor einer überraschenden Inspektion durch den Minister gewarnt. Er beschließt, den einzigen widerrechtlichen Gefangenen, seinen politischen Gegner Florestan, zu töten. Zur Ausführung der Tat benötigt er Rocco. Leonore bittet Rocco, die Gefangenen aus den leichteren Gefängnissen zu lassen, unter denen sie ihren Mann vermutet. Rocco gibt die Erlaubnis dazu. Als Pizarro davon erfährt, befiehlt er, die Gefangenen sofort wieder einzuschließen.

Zweiter Aufzug
Nach zwei Jahren Isolationshaft droht Florestans Widerstandskraft zu zerbrechen. Rocco und Leonore öffnen die Zisterne als Grab für den geheimen Gefangenen. Leonore ist bereit, den Unbekannten zu retten. Sie erkennt in ihm ihren Mann. Als Pizarro seinen Gegner beseitigen will, verhindert sie den Mord. Das Eintreffen des Ministers wird angekündigt. Pizarro muss ihn empfangen. In Ungewissheit über ihr Schicksal sind Leonore und Florestan wieder beisammen.  Der Minister Don Fernando lässt sich alle Gefangenen vorführen und erlässt eine Generalamnestie. Rocco bezichtigt Pizarro vor dem Minister des versuchten Mordes. Pizarro muss gehen. Der Minister nimmt den Appell des Volkes auf und verkündet ihn als ursprüngliche Absicht.